โครงการหอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ เดิมชื่อ โครงการหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์สาธารณสุขแห่งชาติ กระทรวงสาธารณสุข ระยะ 4 ปี (พ.ศ. 2561 – 2564) ริเริ่มมาจากโครงการหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ระบบสุขภาพไทย โดยความร่วมมือระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (สช.) เป็นระยะเวลา 5 ปี ตั้งแต่ พ.ศ. 2551 – 2555 เพื่อทำหน้าที่รวบรวม จัดเก็บ อนุรักษ์ ให้บริการ และจัดแสดงนิทรรศการจากเอกสารที่มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์สุขภาพไทย ประวัติศาสตร์ทางการแพทย์และการสาธารณสุขเพื่อเป็นแหล่งสนับสนุนการศึกษา ค้นคว้า และวิจัย สำหรับสร้างความรู้ทางประวัติศาสตร์และมิติทางสังคมและวัฒนธรรมสุขภาพ ตลอดจนให้บริการเอกสารที่มีคุณค่าทางด้านนี้แก่สาธารณชน

         เดิมโครงการหอจดหมายเหตุฯ มีสถานที่จัดเก็บและให้บริการ ตั้งแต่ พ.ศ. 2551 - พ.ศ. 2560 อยู่ที่ชั้น 3 อาคาร 10 ชั้น วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนี ในสถาบันบำราศนราดูร จังหวัดนนทบุรี ซึ่งมีพื้นที่จำกัดเพียง 216 ตารางเมตร ไม่สอดคล้องกับปริมาณเอกสารที่รวบรวมและมีจำนวนเพิ่มมากขึ้นตามลำดับถึงประมาณ 500,000 ชิ้น ดังนั้น เนื่องในวาระอันเป็นมงคลแห่งการเฉลิมฉลองและสถาปนา 100 ปี การสาธารณสุขไทย กระทรวงสาธารณสุขจึงเห็นชอบให้จัดทำโครงการ 100 ปี สาธารณสุขไทย (พ.ศ. 2461 – 2561) เพื่อจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ถาวรและหอจดหมายเหตุของกระทรวงสาธารณสุขขึ้น โดยมอบหมายให้สำนักวิจัยสังคมและสุขภาพในฐานะผู้ดูแลรับผิดชอบโครงการจดหมายเหตุฯ ภายใต้การบริหารงานของสำนักวิชาการสาธารณสุข สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข จัดตั้งหอจดหมายเหตุฯ ขึ้นอย่างเป็นทางการ ณ อาคารคลังพัสดุ ตั้งแต่วันที่ 10 กรกฎาคม 2558 โดยได้รับการจัดสรรพื้นที่ชั้น 1 และชั้น 4 ประมาณ 1,622 ตารางเมตร เพื่อดำเนินงานทางเทคนิคจดหมายเหตุ การจัดเก็บและอนุรักษ์ และให้บริการจดหมายเหตุด้านระบบสุขภาพไทย ประวัติศาสตร์ทางการแพทย์และการสาธารณสุข ให้ได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องและยั่งยืน  

         ตลอดระยะเวลาของการดำเนินงานพบปัญหาหลายประการ ทั้งด้านบุคลากรที่มีไม่เพียงพอเพราะต้องใช้บุคลากรที่มีวิชาชีพเฉพาะด้านจดหมายเหตุ หรือสถานที่มีขนาดเล็กเกินไปไม่เพียงพอต่อจำนวนเอกสารที่เพิ่มขึ้นจำนวนมาก เนื่องจากโครงการฯ มีนโยบายรวบรวมเอกสารสำคัญทั้งจากองค์กรภายในกระทรวงสาธารณสุข เช่น เอกสารสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (สช.) เอกสารกองสุขศึกษา เอกสารกรมควบคุมโรค เป็นต้น เอกสารส่วนบุคคล เช่น เอกสารนายแพทย์เสม พริ้งพวงแก้ว เอกสารนายแพทย์บรรลุ ศิริพานิช เอกสารนายแพทย์นัดดา ศรียาภัย เอกสารนายแพทย์กระแส ชนะวงศ์ เป็นต้น เอกสารภาคประชาสังคม เช่น เอกสารมูลนิธิสาธารณสุขกับการพัฒนา กลุ่มเพื่อนมหิดล เป็นต้น ตลอดจนหนังสืออ้างอิงด้านการแพทย์และการสาธารณสุข ไม่ว่าจะอยู่ในรูปลักษณ์ประเภทกระดาษ สื่อโสตทัศน์ สื่อคอมพิวเตอร์ และแผนที่ แผนผัง แบบแปลน ที่เกี่ยวข้องกับระบบสุขภาพไทย การแพทย์และการสาธารณสุข ซึ่งบางกลุ่มจำเป็นเร่งด่วนที่ต้องนำมาจัดเก็บเนื่องจากเสี่ยงต่อการสูญหาย เพื่อนำมาศึกษา วิเคราะห์ ประเมินคุณค่า จัดหมวดหมู่ อนุรักษ์ เผยแพร่ เป็นจดหมายเหตุ และให้บริการแก่สาธารณชน ทั้งในระบบเข้าใช้ปกติและระบบออนไลน์ในอนาคต  

         ดังนั้น สำนักวิจัยสังคมและสุขภาพจึงได้ร่วมงานกับกองแบบแผน กรมสนับสนุนบริการสุขภาพ ดำเนินการแต่งตั้งคณะทำงานจัดทำแบบแปลน งวดงาน และประเมินราคาหอจดหมายเหตุฯ กระทรวงสาธารณสุข เพื่อปรับปรุงพื้นที่อาคารชั้น 1 และชั้น 4 ก่อสร้างเป็นหอจดหมายเหตุฯ โดยกองแบบแผนได้ส่งมอบแบบแปลนและประเมินราคาหอจดหมายเหตุฯ แล้วเสร็จตั้งแต่เป็นวันที่ 21 พฤศจิกายน 2559 อย่างไรก็ตาม ที่ผ่านมามีการเรียกชื่อหอจดหมายเหตุแตกต่างกัน ทั้งชื่อ หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์สุขภาพไทย หอจดหมายเหตุบำราศ หอจดหมายเหตุสุขภาพไทย หรือหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์สาธารณสุขแห่งชาติ กระทรวงสาธารณสุข เป็นต้น ดังนั้น ในการประชุมคณะกรรมการอำนวยการจัดงาน 100 ปี การสาธารณสุขไทย (พ.ศ. 2461 - 2561) ครั้งที่ 1/2560 เมื่อวันจันทร์ที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2560 ณ ห้องประชุมชัยนาทนเรนทร ชั้น 2 อาคาร 1 ตึกสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ที่ประชุมจึงเห็นชอบให้ใช้ชื่อว่า หอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ โดยกระทรวงสาธารณสุขได้มอบหมายให้สำนักวิจัยสังคมและสุขภาพเป็นผู้กำกับดูแลรับผิดชอบโครงการก่อสร้างหอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ ตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2561 และส่งมอบอาคารที่ปรับปรุงแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2561 ต่อมากระทรวงสาธารณสุขได้ออกระเบียบหอจดหมายเหตุสาธารณสุขแห่งชาติ พ.ศ. 2561 เพื่อใช้เป็นแนวทางในการบริหารจัดการโดยให้หอจดหมายเหตุฯ สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2561 และกำหนดเปิดให้บริการอย่างเป็นทางการในวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2561